Le prime tracce umane in territorio di Sepino fanno riferimento al ritrovamento di una capanna preistorica, in un bosco ai piedi del monte Mutria. La capanna risale al Neolitico ed aveva una struttura semiovale. Lungo la parete destra era adagiato il corpo di una donna con il suo corredo funebre costituito da una ciotola, due conchiglie forate, una fusaiola sferica e una punta di freccia di selce. I vari ritrovamenti consentono di datare la capanna tra il 3600 e il 3000 a.C. Nel corso del II millennio a.C. si afferma la cosiddetta civiltà appenninica, con economia prettamente pastorale. Nel IV secolo a.C. il Molise attuale era abitato da popolazioni italiche appartenenti al ceppo sannitico, le cui origini risalenti al VIII a.C. fanno riferimento ai Sabini. La tradizione, riferita da scrittori antichi, come Strabone o Festo, vuole che i Sabini, situati nel cuore dell’Italia centrale, praticassero il Ver Sacrum (o primavera sacra). I Sabini, in momenti di pericolo o di calamità naturali, dedicavano al dio Marte tutto ciò che nasceva nella successiva primavera: i bambini nati in tale periodo non venivano immolati, ma allevati come sacrati (consacrati) e, raggiunta la maggiore età, dovevano lasciare la loro tribù alla ricerca di nuove terre guidati da un animale sacro, stabilendosi nel luogo che si pensava l’animale avesse indicato. I primi sacrati, secondo la tradizione, erano capeggiati da Comio Castronio e partirono in settemila verso il Sud, sotto la guida di un bue. Il luogo prescelto da questi divenne poi la culla della loro nazione e dal bue prese il nome di Bojano. Sono questi i futuri Sanniti.
L’organizzazione territoriale di questo popolo ha come unità minima i vici, riuniti in vari pagus che nel loro insieme formano il touto. La nascita di un vicus presuppone un luogo pianeggiante o pedemontano, comunque di facile accesso, capace di accentrare funzioni produttive, agricole, di allevamento, di scambio e artigianali. Questa collocazione geografica però, espone il villaggio a facili aggressioni da parte dei nemici, per cui venivano costruiti dei luoghi montani fortificati (gli oppida e i castella). È questo il caso anche dell’insediamento sannita nei nostri territori: un vicus a valle (sul quale poi sarebbe sorto il municipio Romano di Saepinum) e la cosiddetta “Ocre Saipinatz”, che tradotto dalla lingua osca significa “opera a difesa del recinto”, in località Terravecchia.
Insieme alle fortificazioni venivano costruite anche edifici di culto: i santuari; infatti, contemporanea alla costruzione dell’ocre è l’edificazione di un luogo di culto in località Cantoni, il tempio italico detto di San Pietro.
Nel 293 a.C. nel corso della terza guerra sannitica, il console Romano Lucio Papirio Cursore attaccò la roccaforte di Terravecchia. A tal proposito lo storico romano Tito Livio scrive “I sanniti uscirono dalle porte della città per difendere le mura con il proprio petto”: 7400 morti e 3000 prigionieri furono il bilancio della disfatta di Terravecchia. Questa data segna l’inizio dell’epoca romana.