È certo, comunque, come ricorda A. La Regina, che  "   ...per mille anni i pastori sono stati gli unici forestieri a cavalcare attraverso la città scomparsa, terra coltivata fra fantastiche rovine. Un giorno, tanti anni fa, un vecchio pastore narrò a un viandante curioso di antichità, sulle montagne d'Abruzzo, che lontano, più a sud, vi era Lautilia, una città morta, costruita da cavalieri antichi, i quali poi l'avevano abbandonata per andare a liberare il Santo Sepolcro in Terrasanta. Ma si diceva che sarebbero ritornati, chissà quando, e che allora la città sarebbe ridiventata bellissima, con le sue mura, le sue chiese, le sue piazze, le sue fiere piene di gente..."

I pochi sopravvissuti alla sanguinosa battaglia del 293 a.C.  si spostarono a valle dove riorganizzarono, sotto il controllo romano, un centro abitato. Anche in questo periodo, il carattere indomito dei Sanniti crea numerosi problemi ai Romani. Basti ricordare la Lega Italica, che vede la coniazione di monete locali e la designazione di una capitale (per alcuni storici Boiano). Nel cosiddetto "bellum sociale" (91-89 a.C.) il controllo dei Romani sul Sannio diventa stabile. Con Augusto, alcuni territori del Sannio vengono assegnati ai veterani della guerra sociale e riorganizzati in centuriae. La città di Saepinum comincia ad assumere la dimensione di un centro urbano: si costruiscono le mura, le torri e le porte, grazie all'interessamento di Tiberio e Druso, il Teatro, le Terme, il Macellum, la Basilica, il Foro, i monumenti etc. Il centro urbano di Saepinum, l'attuale Altilia , databile tra il 4 a.C. e il 2 d.C. , era soprattutto un luogo di passaggio, inteso come ricovero di greggi transumanti e luogo di mercato. E' doveroso sottolineare che Saepinum divenne, in epoca imperiale, meta di villeggiatura per molti nobili dell'epoca della Caput Mundi. L'impianto territoriale della città ricalca il preesistente villaggio sannita, infatti anche le  nuove strade della città romana, il Cardo e il Decumano, ricalcano i precedenti assi viari utilizzati dei Sanniti. Secondo la tipica architettura del campus romano il Cardo dovrebbe avere direzione Nord-Sud e il Decumano Est-Ovest. Questo non accade nel territorio di Saepinum, dove il Cardo congiunge il Sud-Ovest con il Nord-Est, mentre il Decumano il Nord-Ovest con il Sud-Est (questo a conferma dell'impronta sannita del territorio).

Molto frammentarie sono le notizie riguardanti Saepinum, dopo il crollo dell'Impero romano, per cui è lecito pensare ad un lento e progressivo abbandono dell'area.

Con il diffondersi del Cristianesimo, Saepinum diviene sede vescovile: ricordiamo il vescovo Palladio (454 d.C.) e soprattutto il vescovo Proculeiano  (501-502 d.C.), il quale viene alla ribalta per essere stato convocato al Sinodo dal Papa Simmarco. Dal 1700 ai giorni nostri, il sito è stato riutilizzato come centro colonico: ne sono prova i numerosi fabbricati rurali presenti nell'area.