Non ci sono documenti che permettono di datare in maniera precisa la chiesa di S. Cristina. È menzionata per la prima volta nei documenti del 1241 anche se si ritiene che la sua costruzione sia precedente. Sembra plausibile che risalga alla fine del IX secolo: forse, infatti, fu costruita insieme al Castellum Saepinii come cappella gentilizia annessa allo stesso. Di questo primo edificio non resta nulla a causa di calamità abbattutesi sulla zona e di numerosi rifacimenti che la chiesa ha subito nel corso della sua storia. L'ingresso principale attuale rivolto verso la piazza, presenta un portale risalente al XVII secolo sormontato dallo stemma del comune di Sepino. L'ingresso posteriore invece si affaccia su una ardita scalinata e sulla facciata è posta un'epigrafe risalente al 1781. A sinistra di questo ingresso si erge il campanile, crollato con il terremoto del 1805 e ricostruito a spese della comunità nel 1824. Il campanile è a pianta quadrata ed è sormontato da una torretta ottagonale sulla quale è stata posta, presumibilmente nella seconda metà del 1800, una singolare struttura in ferro battuto, opera di artigiani locali, detta "Buttiglione", forse unica in Italia.

L'interno dell'edificio è a tre navate, quella centrale delimitata da due file di cinque archi sorrette da quattro pilastri. I basamenti modanati, di diverse altezze, fanno intuire una diversa antica struttura. I capitelli sono decorati da festoni e da teste di cherubini. Sul secondo pilastro di destra una inscrizione ricorda che l'opera è stata realizzata nel 1679 da scalpellini di Cerreto e voluta dall'arciprete Giangiacomo Brini. Il soffitto della navata centrale è decorato da una serie di cinque tele di m 1,70x4,90 raffiguranti scene bibliche, opera del maestro Amedeo Trivisonno risalenti al 1968.

Il transetto, costituito dal presbiterio e dalle cappelle dell'Immacolata e di S. Giuseppe fu costruito nel 1781. il presbiterio è sormontato da una cupola costruita nel 1846 e decorata con otto tele raffiguranti quattro dottori della chiesa orientale e quattro dottori della chiesa occidentale disposti in maniera alternata. Le tele sono opera del maestro Amedeo Trivisonno. L'altare maggiore finemente decorato con marmi policromi di scuola napoletana, presenta decorazioni floreali di marmi rossi, gialli e grigi su fondo nero, con al centro una croce raggiata. Fu consacrato il 3 maggio 1726 dal vescovo di Telese Francesco De' Baccari. Secondo la nuova liturgia, al centro del presbiterio è stato realizzato un nuovo altare (1975).
È sorretto da due mensole in marmo, risalenti al XVII, decorate da due cherubini che in precedenza arricchivano l'altare maggiore. Dietro l'altare maggiore è posto il pregevole coro ligneo della seconda metà del 1700. I dossali dei sedili sono di legno intarsiato e raffigurano animali e vegetali. Si differenziano il dossale centrale e il secondo a sinistra raffiguranti rispettivamente una scena della creazione e un paesaggio con un centro abitato addossato ad un colle sormontato da un castello, probabilmente Sepino. Il coro è stato restaurato nel 1991.

Sul lato destro del presbiterio è posto l'altare oggi dedicato all'Immacolata Concezione. un epigrafe sul lato della cappella ricorda la costruzione dell'altare, allora dedicato a S. Antonio di Padova nel 1630 voluta dalla principessa di Sepino e marchesa di Binetto, Lucrezia Caraciolo, moglie di Francesco Carafa. La cappella di sinistra invece, dedicata a S. Giuseppe risale al 1731. Nella navata di destra sono gli altari di epoca settecentesca dedicati a S. Antonio di Padova e Al Sacro Cuore di Gesù. Lungo questa navata, sul fondo della chiesa è la Cappella di S. Carlo Borromeo. Fu realizzata da Carlo e Tommaso Maglieri come ex voto per grazia ricevuta essendo scampati al crollo di un arco di una stanza della loro casa, dove custodivano i reliquiari che oggi sono nei quindici scomparti che sovrastano l'altare. L'altare e il dossale sono realizzati in pietra locale e rappresentano un unicum nella produzione artistica molisana del settecento. Nella cappella è posto un ex voto, un dipinto del 1660 che raffigura una guarigione operata da S. Cristina. Davanti all'altare è posta una decorazione pavimentale settecentesca, con motivi geometrici e decorazione floreale centrale. Lungo la navate laterale sinistra si trovano gli altari settecenteschi dedicati all'Annunciazione e alla Madonna del Riposo, commissionati dai Della Leonessa. Un'epigrafe posta all'ingresso della cripta data la consacrazione di quest'ultimo al 1739. Addossato all'altare, immediatamente dopo l'ingresso principale, è il sepolcro del Vescovo Attilio, voluto nel 1536 dal fratello, che inizialmente era posto nella chiesa di S. Stefano (oggi sconsacrata e adibita a sala convegni).

Nella chiesa sono presenti numerosi dipinti di un certo valore:

۩ Tela della "Madonna del riposo" (pregevole copia della celebre opera di Giulio Romano: la Madonna della Gatta, attualmente ammirabile presso il museo di Capodimonte a Napoli);
۩ Dipinto raffigurante S. Nicola di Bari di autore ignoto risalente alla prima metà del XIX, in cui il santo ha ai suoi piedi S. Antonio di Padova al posto dei tre bambini che aveva salvato;
۩ Dipinto del Miracolo di S. Cristina che libera una donna posseduta dal demonio, un ex-voto di autore ignoto, risalente al 1838;
۩ Icona raffigurante S. Cristina opera del Prof. Marcello Moschini, ricordo del gemellaggio tra Sepino e Bolsena del 1995;
۩ Tela della "Madonna delle Grazie" raffigurante la Madonna tra S. Giuseppe e S. Francesco di Paola dipinta nel 1816 da G. M. Griffon (celebre per i suoi dipinti nella reggia di Caserta).

In fondo alla chiesa sono collocati i resti di un organo a canne del 1742, che fu restaurato nel 1828 a seguito dei danneggiamenti subiti a causa del terremoto del 1805. Ai lati del portone di ingresso posteriori sono presenti due sculture: la fonte battesimale e una acquasantiera:la prima risalente al XVII secolo, in pietra con base piramidale è sovrastata da un baldacchino in legno con una rappresentazione dello Spirito Santo; la seconda sempre del 1600 presenta alla base un bassorilievo raffigurante S. Cristina.

La cripta, detta "La Grotta"

Da una scalinata sul fondo della chiesa si accede alla cripta. Un'epigrafe attesta la fondazione della cripta nel 1570. Qui è posta alla venerazione dei fedeli una statua lignea di S. Cristina , che veste una tunica bianca impreziosita da fiori, sulle spalle ha un mantello rosso e nella mano destra reca una freccia e una fronda di palma, mentre con la sinistra sorregge Sepino. La tradizione vuole che questa statua venga portata in processione ogni 100 anni e che i fedeli, in segno di rispetto non le voltino mai le spalle, nell'uscire dalla cripta. Da un portone sulla destra della cripta si accede ad una sala dove sono posti alcuni ex voto e la maschera funebre di S. Carlo Borromeo, regalato dal Cardinale Pignatelli, vescovo di Palermo al sepinese Carlo Arienzale Chiarizia presidente della Suprema Corte di Giustizia a Reggio Calabria, nel 1838. A lato della cripta nel 1966 è stata costruita la Cappella della Passione dove sono custodite statue di Gesù Morto e della Madonna Addolorata. Dalla cappella si accede in un ambiente dove vi sono otto scene raffiguranti il martirio di S. Cristina. Le sculture lignee sono opera del Maestro Musner di Ortisei.

La Cappella del Tesoro (o Cappella Carafa)

Dalla navata laterale destra, attraverso un portone seicentesco in legno scolpito, si accede alla Cappella detta del tesoro. Sull'architrave un'epigrafe ricorda che la cappella fu voluta da Francesco Carafa nel 1609. Nel corso della sua storia ha subito numerosi rifacimenti: sono documentati quelli del 1740 del 1874 e del 1948. Nel 1963 è stato rifatto il soffitto e vi furono inseriti gli attuali dipinti di L. Paglione raffiguranti il patrocinio di S. Cristina sugli emigrati, l'arrivo delle reliquie della Santa a Sepino e il loro ingresso nella chiesa del SS. Salvatore. La Cappella è il luogo più caro alla devozione dei Sepinese poiché custodisce le reliquie del braccio di S. Cristina. In otto nicchie sono custoditi gli otto busti reliquiario di S. Giovanni Battista, S. Nicola, S. Biase, S. Antonio Abate, S. Giacomo, S. Filippo, S. Andrea e S. Sebastiano. I busti sono in rame argentato e sono riferibili all'artigianato napoletano del 1600. Sull'altare maggiore è collocata la nicchia contenente il busto reliquiario di S. Cristina e la reliquia della Santa. Il busto, risalente al XVII, è in argento e rame dorato: la mano destra abbraccia Sepino, mentre la sinistra sorregge una palma e un ramo fiorito simboli della sua verginità e del suo martirio. La reliquia del braccio è conservata in un avambraccio in argento sbalzato e cesellato che presenta un piccola figura di S. Cristina. Di notevole interesse sono l'altare e la balaustra in marmo policromo del secolo XVI.

Nel 2009, in occasione del quarto centenario dalla fondazione della Cappella Carafa, si sono organizzate mostre ed eventi importanti.